La légendaire cité Atlantide

Jaden et Syrus se disputent lorsqu'un soudain arrive à Academy Island. Le capitaine du sous-marin affirme qu'il est ici pour un duel. Jaden pense qu'il fait partie des Shadow Riders et se bat en duel à bord du sous-marin. Il s'avère que le capitaine n'est en fait pas un cavalier fantôme; c'était juste un malentendu. Son rêve est de construire une académie de duel sous-marine et il souhaite que Jaden devienne un enseignant pour l'école, car il est un duelliste si puissant. Le sous-marin quitte l'île alors que Jaden est toujours à bord. Il gagne le duel mais ses amis se sont fait dire qu'il est resté et ils sont partis sur le bateau pour l'île. Syrus est triste de constater que la dernière chose qu'il a faite avec son ami a été de se battre avec lui. Cependant, une semaine plus tard, Jaden retourne sur l'île, explique ce qui s'est passé et Syrus se réjouit.