Le début du destin

C'est la deuxième année de Jaden à la Duel Academy et beaucoup de choses ont changé. Le chancelier Sheppard est parti, laissant au Dr Crowler et à son adjoint, le vice-chancelier Bonaparte, la responsabilité de l’école. Jaden était dans son dortoir, quand il a été mis au défi de se battre en duel par un nouvel étudiant, appelé "AP". Jaden a affronté l'étudiant, qui a été envoyé par une mystérieuse diseuse de bonne aventure qui voulait que AP perde afin de tester ses compétences en duel. . Jaden a gagné et a appris par ses amis qu'AP était un raccourci pour Aster Phoenix, un duelliste de la Pro-League meilleur que Zane. Jaden pensait avoir vraiment battu un professionnel, jusqu'à ce qu'il découvre par Dorothy qu'Aster utilisait un jeu de cartes qu'il avait construit à partir de plusieurs paquets de cartes aléatoires, ce qui rendait Jaden encore plus excité de le battre à nouveau en duel.